На 14 август 1775 г., с указ на руската императрица Екатерина II, Запорожка Сеч е окончателно премахната. След обединяването на значителна част от Малката Русия с Руската държава през 1654 г., привилегиите са разширени за армията на Запорожие, които се ползват от други руски казашки войски. Запорожските казаци изиграха важна роля. Казаците защитават южните граници на Русия, играят видна роля във войните с Кримското ханство и Османската империя. Следователно казаците запазиха известна автономия от централната власт. Казаците обаче приютиха бегълците, които се криеха в Запорожка Сеч от преследването на царските власти. Освен това имаше опасност от бунт срещу центъра, съюз с външните врагове на Русия.
И така, през 1709 г. кошавой атаман Кост Гордиенко и хетман Мазепа подписаха съюзническо споразумение със шведския крал Карл XII. Запорожската Сеч се присъединява към съюза на Мазепа и Карл срещу Русия. Имаше няколко сблъсъка между казаците и руските войски. Петър дава заповед на княз Меншиков да премести три полка от Киев в Сич под командването на полковник Яковлев, за да „унищожи цялото гнездо на бунтовниците“. Сечът е разрушен, а по -късно Петър не позволява да бъде възстановен. Казаците, основани в земите, контролирани от турците и кримските татари, Каменская (1709-1711) и Алешковская Сеч (1711-1734). Те обаче не продължиха дълго.
През 1733 г., когато след избухването на войната между Руската империя и Турция, кримският хан нареди на казаците от Альошковската сеч да отидат до руската граница, генерал Вейсбах (по това време той се занимаваше със строителството на украинската линия крепости) връчи на казаците сертификат в урочище Красен кут, на 4 версти от старата Чертомлицкая сеч. Казаците получиха писмо от императрица Анна Йоанновна за помилване и приемане в руско гражданство. В резултат на това е създадена Новата (Подполненская или Подпилнянска) Сеч, тя е съществувала до окончателното унищожаване на Запорожка Сеч през 1775 г.
Новата Сич беше много различна от старата. Тя стана не само военен, но и икономически, политически организъм. Казаците получават пълно самоуправление и земи за заселване. Появиха се нови структури - „паланки“. Това бяха своеобразни „провинции“на Сеч в Самара, Миус, Буг, Ингулец и пр. Всяка паланка се управляваше от полковник, есаул и чиновник, които бяха подчинени на Кош. Именно земята стана основният източник на доходи за казаците, а не заплатата. В околностите на Сич са се заселили „зимните чакове“- женени казаци, те нямат нито правото да гласуват в парламента, нито правото да бъдат избирани на длъжност и са задължени да плащат „дим“в хазната на Сич, т.е. вид семеен данък. Освен женени казаци, извънземни (предимно селяни, бедни хора, търсещи по-добър живот), които идват от великоруските провинции, Правобережна Украйна и турските владения, започват да се наричат така. Те не се смятаха за казаци, а бяха поданици на Сеч, доставяха храна и плащаха по 1 рубла годишно. Жителите на Сич живееха от риболов, лов, скотовъдство, земеделие и търговия. Бригадирът получаваше приходи от мита при внос на стоки, собственост върху земя, пасища, риболов.
Казаците се подчиняваха само на собствените си закони, за незначителни дела те бяха съдени в паланки, за важни - на кошевой. Нарушителят можеше да бъде предаден на императорските власти, но най -често те самите бяха наказани, до смъртно наказание. Сич бързо се превърна в един от процъфтяващите региони на Русия. Паланкетите бяха покрити със села и чифлици.
В Сич обаче имаше и сериозни противоречия между бригадира и голота. И така, царското правителство почти веднага наруши задължението да дава ежегодно на Сич 20 хиляди рубли заплата. Още през 1738 г. те започват да дават само 4-7 хил. Останалите пари са наредени да бъдат изплатени от армейските средства, но те са празни. В резултат на това властите започнаха да изневеряват - раздадоха "публично" 4 хиляди рубли, останалите пари бяха тайно преведени на бригадирите, вождовете на курените. Казаците обаче бързо разбрали за това: през 1739 г. кошевой Тукал и старейшините свалили, били и ограбили имотите си (кошевой бил толкова силно бит, че скоро умрял). В бъдеще бригадирите продължиха да забогатяват. По -специално, кошевой Калнишевски някога е продал 14 хиляди коня от стадата си. Обикновените казаци бяха в бедност, всички облаги бяха в полза на бригадира.
Обикновените казаци работят за бригадира, ловят риба и се развива и "гайдамаство", тоест грабеж. В долните течения на Буг руските, турските и полските граници се сближиха, което помогна да се скрие след грабежа. През 1750 -те и 1760 -те години Гайдамаш се превръща в истинско бедствие в тази област. Хората просто се страхуваха да пътуват през района на Буг. Жалби за казаците се стичаха от Турция и Полша. Инструкциите на императорските власти бяха просто „спускане на спирачките“. Търговията беше много печеливша и много от бригадирите и администрацията на паланките участваха. Когато през 1760 г., под натиска на руските власти, Кошевой Белецки организира набег за залавяне на разбойниците, само 40 души успяха да арестуват. И дори тогава куренските атамани забраниха да ги раздават, разглобиха ги на курени и след покаяние ги пуснаха. Когато руското военно командване установи патрулиране на границата с редовна конница и крайградски казаци, започнаха въоръжени схватки.
Друга причина за конфликта между Сеч и централното правителство възникна. През този период се наблюдава активно развитие на предишните празни зони на Дивото поле и казаците започват да защитават своите „законни“земи. Те основават твърденията си на фалшив - „копие от писмото на Стефан Батори“, който уж им е дал земя близо до град Чигирин, покрай Самара и Южен Буг, левия бряг на Днепър до Северския Донец. И тъй като руските суверени, започвайки от Алексей Михайлович, потвърдиха „бившите свободи на Запорожие“, самата дума „свободи“започна да се тълкува в териториален смисъл. Запорожските казаци, защитаващи своите „законни“земи, не се спряха на използването на сила. Те изгориха няколко нови селища, разпръснаха селяните. В резултат на това казаците просто станаха нахални, предизвиквайки централната власт. Въпреки това, при Елизабет и хетман Разумовски, те се измъкнаха.
При Екатерина II ситуацията се промени. Тя сериозно се зае с делата на разхлабената Украйна. През 1763 г. хетман Разумовски, който намекна за наследствения статут на длъжността си, подаде оставка „по собствено желание“. Малкоруският колегиум е възстановен. За негов президент е назначен генерал П. А. Румянцев. Той откри картина на пълен колапс в Украйна. Военният елит, който управляваше от името на Разумовски, напълно се измъкна от контрол. Бригадирите се превърнаха във всемогъщи благородници, истински местни „князе“. Стигнаха дотам, че се биеха помежду си, оспорваха земята, въоръжаваха казаците и селяните. Населението беше подложено на безмилостна експлоатация. Обикновените казаци или фалираха, превръщайки се в земеделски работници, или се занимаваха с лично земеделие. Указът от 1721 г. за насърчаване на казашката дестилация се отразява негативно на войските. Много хора са се напили до смърт, други са изпили парцелите си на питие. В резултат на това Малоруската армия се разложи. Румянцев дори не можеше да организира пощата: богатите не искаха да служат, бедните нямаха възможност.
Наложи се да се вземат мерки за възстановяване на боеспособността на местните войски. През 1764 г. те започват да трансформират казашките части в редовни. От украинските полкове са създадени 5 хусари: черен, жълт, син, сръбски и угорски. Освен това са създадени четири пикинерски полка (Елисаветградски, Днепровски, Донецк и Лугански). По -късно са създадени още няколко хусарски полка и Ландмилицията е реорганизирана в пехотни части. Като цяло Украйна трябваше да загуби специалния си статут и да се изравни с други руски провинции. Седенето в тези планове беше сериозна пречка.
Вниманието беше привлечено и от „държавата в държавата“- Запорожската сеч. През 1764 г. Кош е подчинен на Малоруския колегиум. На администрацията на Запорожие се приписва, че вече не провежда избори. Казаците се възмутиха и противно на инструкциите проведоха нови избори, като избраха Калнишевски за кошевски. Новият кошевой отиде в Санкт Петербург без разрешение да поиска пряко подчинение на Чуждестранната колегия и да повдигне въпроса за „законните“запорожски земи. Румянцев предложи на императрицата да арестува делегатите. Изготвен е проект за реформа на Сич. Катрин обаче не предприе строги мерки, наближаваше нова война с Турция, те не искаха да усложняват положението на юг. Императрицата прие делегацията любезно. Това вдъхновява казаците, връщайки се в Сеч, те започват да се хвалят, че са „уплашили“правителството.
През 1767 г. е получен донос, че Кошевой Калнишевски и чиновникът Иван Глоба се съгласяват да започнат преговори с турския султан, ако правителството не изпълни техните искания. Катрин остави доноса без последствия, но съдбата на Сич вече беше предрешена. Решението на проблема беше отложено само до края на войната с Османската империя.
Самото ръководство на Сич утежни несигурното си положение. Той не само предизвиква руските власти, но и влиза в контакт с Крим и Турция. В навечерието на войната казаците получават писма от Бахчисарай и Истанбул, в които се изкушават с възможността да преминат на служба към Турция, обещавайки тройна заплата. Френският емисар Тотлебен посети Сич от името на султана. Калнишевски отказва на турците, но не прекъсва кореспонденцията. Освен това той позволи на Тотлебен да говори с казаците и не го предаде на Румянцев. Сред казашката маса започна объркване. Когато през декември 1768 г. казаците били инструктирани да започнат война с Турция, те се разбунтували. Калнишевски трябваше не само да потуши бунта, но и да поиска помощ от руския гарнизон от съкращението на Новосеченски. Безредиците продължават няколко месеца, казаците напускат границите, а татарите пробиват към Украйна през януари 1769 г.
В руско-турската война от 1768-1774 г. Участваха 10 хиляди казаци (още около 4 хиляди останаха на територията на Сеч). Във войната те показаха високи бойни качества, отличиха се в разузнаването и набезите и изиграха важна роля в битките при Ларга и Кахул. Победата в тази война беше друга причина за елиминирането на армията на Запорожие. Със сключването на споразумението Кучук-Кайнарджийски Руската империя получи достъп до Черно море, беше създадена защитната линия на Днепър, Кримското ханство беше на ръба на унищожението. Вторият исторически враг на Русия, католическата Полша, губи силата си и през 1772 г. се извършва първото й разделяне. Запорожските казаци загубиха ролята си на защитници на южните граници.
През май 1775 г. корпусът на генерал Петър Текели е преместен в Сич. Операцията беше безкръвна. Старейшините, осъзнавайки, че съпротивата е безсмислена, заедно със свещениците успокоиха обикновените казаци. С указ на Екатерина Запорожската сеч е премахната. Обикновените казаци не бяха преследвани. Някои останаха в Украйна и се заселиха в села и градове. Някои от командирите получиха офицерски звания, бригадирите станаха благородници. Само трима казаци - Калнишевски, военен съдия Павел Головати и писар Глоба бяха осъдени по обвинение в предателство и заточени в манастири. Калнишевски е живял в Соловецкия манастир до 112 -годишна възраст и умира през 1803 г., приемайки монашеското достойнство.
Част от казаците отиват към Дунав под управлението на турския султан и е създадена Задунайска сеч. През 1828 г. дунавските казаци преминават на страната на руската армия и са помилвани лично от цар Николай I. От тях е създадена казашката армия на Азов. В Русия, по време на войната с Турция, Александър Суворов през 1787-1788г. от казаците на бившата Сеч и техните потомци, той организира „Армията на верните запорожци“. През 1790 г. тя се трансформира в черноморска казашка армия и след това получава територията на левобережния Кубан. Казаците взеха активно участие в Кавказката война и други войни на Руската империя.
