Смъртта на Лъжливия Дмитрий не спря Смутите. Гражданската война продължава, обхваща нови земи, появяват се нови измамници. През първия месец от управлението си Василий Шуйски трябваше да потисне няколко опита за представления на московските градски нисши класи. В Москва се опасяваха, че полският крал Сигизмунд ще започне война за свалянето на измамника и побоя над поляците. Следователно от няколко хиляди полски гости и наемници на Лъжливия Дмитрий, оцелели през майското въстание в Москва, бяха освободени само обикновени хора, а благородни хора бяха оставени като заложници, подложени на добра поддръжка и разпределени под надзор в различни градове. Шуйски наруши дипломатическия етикет и дори задържа полското посолство на Гонсевски в Москва.
Тези опасения обаче бяха напразни. Самата Полша имаше трудности. Поляците започват война със Швеция и отвоюват град Пернов (Пярну) от нея в Ливония. Освен това запорожските казаци, водени от хетман Сагайдачен, извършиха редица успешни набези и ограбиха Кафа и Варна. Това разгневява османците и те обявяват война на Британската общност. Вярно е, че основните сили на турската армия са свързани с войната с Персия и помощни войски са изпратени срещу Полша, а поляците отблъскват атаката. В самата Полша някои от магнатите, недоволни от политиката на краля, вдигнаха фурор. Страната беше обхваната от гражданска война. Следователно поляците нямаха време за Москва.
Така Москва пренебрегна по -сериозна заплаха - вътрешна. В края на краищата проблемите, които предизвикаха неприятностите, не бяха разрешени. Външната заплаха изигра важна, но не и основна роля. Провинцията е възмутена: Болярската дума избира цар без необходимата подкрепа на всички земи. Оказа се, че болярите са убили „добрия цар“и са завзели властта, предавайки престола на „болярския цар“. Провинцията кипеше: срокът за търсене на бегълци бе увеличен на 15 години; военнослужещите си спомниха щедрите награди на Лъже Дмитрий; жителите на юг се страхуваха от репресии и терор (както при Годунов) за помощ на измамника; притеснен за казаците, които активно подкрепяха лъжеца; Шуйски се отърва от привържениците на Лъжлив Дмитрий, изпращайки ги далеч от столицата, много от тях бяха изпратени в южните гранични райони.
През лятото на 1606 г. спонтанни въстания обхванаха целия юг на страната, който беше развълнуван от слуховете за „спасението на добрия цар Дмитрий“. Центърът на борбата срещу новия цар в Северната земя беше "столицата" на първия измамник - Путивл. Тук въстаналите граждани, селяните, избраха Иван Болотников, дошъл при тях с чета, за „велик командир“. Иван Болотников, според най -разпространената версия, е крепостен на княз Телятевски. В младостта си той бяга от господаря си в степта при казаците, тук е заловен от татарите и е продаден в робство на турците. Той прекарва няколко години в робство, на галерите като гребец. След неуспешна морска битка с християнски кораби за турците той е освободен и се насочва към Венеция, където живее в германски търговски комплекс. Оттук, след като е чул истории за началото на Смутите в руската държава, Болотников се премества през Германия и Полша в Русия. Слуховете за „чудотворното спасение“на московския цар Дмитрий привлякоха Иван в Самбор, където беглецът от Москва Михаил Молчанов, бивш съюзник на Лъжемитрий И. Молчанов, се криеше със съпругата си Юрий Мнишек Ядвига и се представи за цар. Този авантюрист се представи на Болотников като цар, избягал след майския преврат в Москва. Новият измамник дълго разговаря с Болотников, след което му доставя писмо до княз Григорий Шаховски и го изпраща в Путивл като негов личен емисар и „голям войвода“.
Всъщност гражданската война навлезе в активна фаза. Армията на Болотников включваше основните имения и социални групи на руската държава: селяни и роби, Северски, Терекски, Волжки и Запорожски казаци, представители на благородството. Освен това въстанието е подкрепено от представители на аристокрацията, сред които княз Григорий Шаховски и черниговският войвода Андрей Телятевски, бившият собственик на Болотников.
През лятото на 1606 г. 30 хил. Армията на Болотников се придвижи към Москва. Крепостите Кроми и Йелец са превзети, богатият арсенал на които попълва резервите на бунтовниците. Правителствените войски под командването на управителите на князете Воротински и Трубецкой бяха разбити при Кроми и Йелец. Много войници от царските войски преминаха на страната на въстаниците. Възползвайки се от грешките на царските управители, бунтовниците бързо напредват към Москва. В армията на Болотников се вливаха все повече и повече чети на непокорни селяни. Нещо повече, по пътя за Москва към Болотников се присъединиха големи отряди служебни благородници, които се противопоставиха на боляринския цар Шуйски. Старшият рязански губернатор Прокопи Ляпунов и по -младият - Григорий Сумбулов, ръководеха рязанското опълчение, стреловият центурион Истома Пашков - голяма чета от служители. Тула, Кашира, Калуга, Можайск, Вязма, Владимир и Астрахан въстават. На Волга мордовците и марийците (Черемис) се разбунтуваха, обсадиха Нижни Новгород.
Бунтовниците по пътя за Москва се приближиха до Коломна. През октомври 1606 г. Посад Коломна е превзет от нападение, но Кремъл продължава да се съпротивлява. Оставяйки малка част от силите си в Коломна, Болотников се насочва по коломненския път към Москва. В село Троицкое, Коломенски окръг той успява да победи правителствените войски. На 22 октомври армията на Болотников е разположена в село Коломенское край Москва. Тук той построи затвор (крепост) и започна да изпраща писма до Москва и различни градове, призовавайки да подкрепи законния суверен Дмитрий Иванович и възбуждаше бедните и бедните срещу богатите. „Всички вие, болярски роби, бийте болярите си, вземайте жените им и цялото им имущество, имения и имения! Вие ще бъдете благородни хора, а вие, които бяха наречени шпиони и безименни, убивате гости и търговци, разделяте коремите си помежду си! Ти беше последният - сега ще получиш боляри, хитрост, воеводство! Целувайте целия кръст на законния суверен Дмитрий Иванович! Следователно пътят на войските на Болотников беше придружен от ужасни погроми, хората реагираха с ужас на терора, воюваха сякаш наоколо има непознати (царските войски на териториите, обхванати от въстания, действаха по подобен начин).
Опълчението на Болотников продължава да се разраства, отделни чети, главно от роби, които със своите набези и грабежи държат столицата в обсадно състояние, се открояват от нея. През ноември казаците на Илейка Муромец се присъединиха към Болотников. Той беше друг измамник, представящ се за Царевич Петър Фьодорович, който в действителност никога не е съществувал като син на цар Фьодор I Иванович. Московчани вече бяха готови да се подчинят на Болотников, като поискаха само да им покажат Царевич Дмитрий и дори започнаха преговори с него. Възхитеният Болотников изпрати пратеници до Путивл. Като, нека "царят" дойде по -рано, победата е близо. Но Дмитрий така и не се появи. Мнозина започнаха да изразяват съмнения относно съществуването на Дмитрий и преминаха на страната на Шуйски.
Междувременно Шуйски не седеше и активно се подготвяше за контраатака. Предградията и селищата на Москва бяха укрепени. Войските на управителите Скопин-Шуйски, Голицин и Татев се установяват при Серпуховската порта, откъдето наблюдават вражеския лагер. Установена е комуникация между Москва и околните градове, войските охраняват пътищата. През ноември пристигнаха подкрепления от Твер и Смоленск, които до голяма степен бяха съставени от благородници и граждани. В същото време Шуйски активно се договаря с благородната част на бунтарския лагер. Ляпуновите и Пашков мразеха Шуйски, но се страхуваха от бунт на „развалините“.
Армията на Болотников нараства до 100 хиляди души (войските му оперират на обширна територия), но бойните му качества падат. Сред бунтовниците имаше много роби, скитници, селяни, които нямаха боен опит, бяха слабо въоръжени и организирани. Казаци и благородници - две бойни ядра на армията, те бяха презрени. Те обаче също се противопоставиха един на друг. В резултат на това в армията на Болотников настъпва разделение: единият лагер се състои от благородници и болярски деца, а другият - роби, казаци и други хора. Последните имаха за ръководители Иван Болотников, първите - Истома Пашков и братята Ляпунови. Между лидерите възникнаха разногласия, в резултат на което първо Ляпунови, а след това и Истома Пашков, преминаха на страната на Шуйски. Междувременно Шуйски, добре укрепил Москва, формира нова армия от милициите на други градове. Освен това Шуйски примамва много благородници от лагера на Болотников, като им обещава награда и чинове.
Виждайки, че положението се влошава и силите на Шуйски нарастват, Болотников решава да атакува. На 26 ноември той се опитва да превземе Симоновския манастир, но е победен от царските войски под командването на млад и талантлив командир, племенник на цар Михаил Скопин-Шуйски. В решаващия момент на битката голяма благородна чета на Пашков напуска лагера на въстаниците, това решава изхода на битката в полза на царската армия. Войските на Болотников са закрепени в лагера в Коломна. Скопин-Шуйски обсажда болотниковците и започва обстрел. Цар Василий се опитал да се споразумее със самия Болотников, обещал висок ранг, но лидерът на въстаниците отказал да отиде на мир. След три дни артилерийски огън пъстрата армия на Болотников не издържа и избяга. Част от казаците завзеха село Заборие, където на 2 декември въстаниците отново бяха победени. Казаците на отаман Безубцев преминаха на страната на Скопин-Шуйски. Цар Василий им прости. Останалите затворници, взети в битка или по време на полета, бяха обесени или зашеметени с тояги, удавени. Болотников избяга в Серпухов, а след това Калуга, Илейка Муромец отиде в Тула.
Така бунтовниците така и не успяха да превземат столицата. В решителната битка болотниковците са победени от царските войводи, което е улеснено от предателството на благородните чети, преминали на страната на цар Василий Шуйски.
В Калуга Болотников събра около 10 хиляди души. Обсадено е от царските войски. Главен командир обаче беше бездарният брат на царя Иван Шуйски. В резултат на това обсадата на Калуга се проточи от декември 1606 г. до май 1607 г. Бунтовниците се защитаваха умело и отчаяно, отблъскваха атаките, правеха дръзки боеве, нанасяйки големи щети на царските войски. Царските управители решават да изгорят дървената крепост и след като мобилизират околните селяни, започват да доставят дърва за огрев, с които облицоват стените. Бунтовниците обаче се досетиха за този план и взривиха „зачистването“, убивайки и осакатявайки голям брой царски воини. По това време други бунтовници се опитаха да деблокират Калуга, но бяха победени. И така, отрядът на Мезецки, изпратен от Путивл от Шаховски за спасяването на Болотников, е победен от армията на Иван Романов на реката. Вирке.
По-късно войските на Телятевски и Псевдо-Петър се опитаха да пробият към Болотников. На 1 май 1607 г. донските и украинските казаци разбиват царските войски на река Пчелна. Възползвайки се от объркването сред обсадната армия, Болотников прави излаз и побеждава царските управители, които се оттеглят, изоставяйки артилерията и багажния влак. Част от царските войски преминаха на страната на въстаниците. Само полкът на Скопин-Шуйски се оттегли в пълен ред. След това Болотников се премества в Тула, където има по -мощна каменна крепост, и се обединява с други бунтовнически отряди.
Тогава Болотников започва втората кампания срещу Москва. Цар Василий обаче не седеше безучастно. Беше обявена мобилизацията на хора от „данък“(„данък“- воини, призовани от гражданите и селските общности) в цялата страна, и лично поведе голяма армия, която се формира в Серпухов. Центровете на въстанието постепенно се смазват. Бунтовниците бяха изгонени от Нижни Новгород. А. Голицин побеждава Телятевски край Кашира. Появата на някакъв непознат Петър вместо на очаквания „добър цар“Дмитрий, който отприщи терор срещу противниците, охлади много, бунтовните градове се успокоиха, донесе признание. През май царската армия се насочи към бунтовниците. В похода участва самият цар, а отделните полкове се командват от Михаил Скопин-Шуйски, Пьотър Урусов, Иван Шуйски, Михаил Туренин, Андрей Голицин, Прокопи Ляпунов и Фьодор Булгаков.
Болотниковците се опитаха да заобиколят основните сили на царската армия и да отидат към Москва, но заобикаляйки Кашира, въстаниците срещнаха фланга на царската армия при река Восма. На 5-7 юни 1607 г. се води битка. Болотниковците имаха предимство по сила - 30-38 хиляди войници. Въпреки това губернаторът на Тула предаде Болотников и с 4 хиляди. четата преминава на страната на царските войски. А рязанските отряди на Ляпунов влязоха в тила на армията на Болотников. Това предизвика паника сред болотниковците и те се оттеглиха. Част от войските на Болотников са отсечени и пленени, затворниците са екзекутирани. След битката при Восемск армията на Болотников е отблъсната обратно към Тула.
Цар Василий Шуйски изпраща няколко полка начело с Михаил Скопин-Шуйски за Болотников. В покрайнините на Тула Болотников решава да се бие на река Вороня, бунтовниците се затварят със засечки и дълго време отблъскват натиска на царската конница. И двете страни понесоха големи жертви. Стрелците обаче направиха кръгова маневра, болотниковците се поклатиха и хукнаха, много бяха убити по време на преследването. Болотников загуби половината от войските си в тези битки - около 20 хиляди души. С останалите се заключи в Тула. Така Болотников претърпя решително поражение и загуби стратегическа инициатива.
На 30 юни самият цар Василий с основната армия се приближи до Тула. Съвременниците съобщават, че царската армия наброява 100-150 хиляди души. На Болотников и „Царевич Петър“са останали не повече от 20 хиляди души. Обсадни оръжия започнаха да обстрелват града от двата бряга. Тула обаче има мощни укрепления, а на Болотников остава най -ефективното ядро на бунтовниците. Затова обсадените се задържаха до октомври 1607г. В ранните етапи на обсадата защитниците на града правеха боеве и се защитаваха смело. Всички опити на царските управители да превземат града с щурм се оказват неуспешни.
Тогава царските войски, по идея на муромския син на болярина Иван Кровков, решават да блокират река Упу под града с язовир, така че Тула да бъде наводнена. На десния блатист бряг беше издигнат язовир с размери около половин миля, който трябваше да попречи на реката да се излее в низините по време на есенния наводнение, но да предизвика рязко покачване на нивото на водата. Всъщност есенното наводнение напълно отряза града от външния свят, превръщайки го в блатист остров насред напълно наводнена равнина. Много боеприпаси бяха повредени, както и запасите от зърно и сол, съхранявани в избите. Скоро в Тула започна ужасен глад и епидемия, която изостри вътрешните противоречия сред бунтовниците. Бунтовниците се опитаха да взривят язовира, но същият Кравков предупреди Шуйски и опитът се провали.
Болотников изпраща пратеници до Михаил Молчанов и Григорий Шаховски неведнъж по време на обсадата, но без успех. И цар Василий се изправи пред нова заплаха. Появи се нов измамник - Лъже Дмитрий II, който вече успя да завземе Северщина, Брянск и Верховската земя. На Болотников бяха предложени преговори за условията за предаването на града. Шуйски обеща да запази свободата за водачите и участниците във въстанието. Постигнатото споразумение е подпечатано с тържествена клетва и на 10 октомври 1607 г. Тула отваря вратите си пред царската армия.
Цар Василий измами водачите на въстанието. Шуйски побърза да обяви, че прошката важи само за обикновените „тулски затворници“, а не за водачите на въстанието. Туляците наистина бяха помилвани, непокорните благородници слязоха с изгнаници. Шаховски е постриган в монах. „Царевич Петър“бе обесен. Болотников е изпратен в Каргопол и тайно се удави. Много обикновени бунтовници бяха изпратени в градовете, а онези, които се озоваха в Москва, без шум и прах, бяха удушени.
Така правителството на Москва потуши селската война, като мобилизира практически всички резерви и отговори с ужас на терора. Шуйски обаче, след като разпусна по -голямата част от армията и мислеше, че сътресенията приключват, се изчисли погрешно. Всичко тепърва започваше. Появи се втори Лъже Дмитрий, към който се присъединиха останките от болотниковците. Полша отново стана активна.
